MoldenをMac OS Sierraにインストールした

自分のPC上でも分子構造や動力学シミュレーションの結果を見たいと思い、Moldenをインストールした。VMDを使った時は分子の結合開裂や結合形成が表現できてなかったのでこっちのほうが好きである。Moldenは公式サイトから入手 How to get a copy of Molden公…

基底関数雑感2

カルボカチオンの出て来る系を扱っている。 モデルを使ったCCSD(T)/aug-cc-pVTZのエネルギーとの比較ではM06HF/def2-SVPPが最もコストパフォーマンスの良い汎関数/基底関数であることがわかったのだが、これまでにAhlrichの基底系をしっかり試したことがない…

ディレクトリ内の計算結果をまとめるプログラム

そろそろ引き継ぎの時期になっている。 計算結果の重要な部分を全部エクセルにまとめて渡すようにとの指示があった。 流石に数百もの計算結果を手作業でまとめるのは骨が折れるのでpython2で自動化した。 カレントディレクトリ内にある全ての*.logファイルを…

アパートを退去した

7月いっぱいでアパートの契約が切れたため、退去した。確か5月ころに去る予定である旨を通告した。退去当日は、管理人が部屋の中を見ることもなく、単純に鍵を渡してdepositの返却先の住所を教えて手続きは完了である。とりあえず口頭ではあるが、部屋が雨…

ラボのサーバーにPython3を入れた

先日作ったプログラムをボスが使いたいので使い方教えれ、とのことになった。 残念なことに、このラボには自分以外Pythonユーザーがいないので、折角プログラムを皆に配布しても各自環境構築しないと使えない。 だったらラボのサーバー上で使えば楽じゃない…

久々に少々長いプログラムを書いた

論文を投稿したのだが、1ヶ月前に4人のレフェリー全員から好意的な結果が返ってきた。誰もrejectを示唆しなかったのはこれまでの経験でも殆ど無いし嬉しい。 とはいうものの、いずれのコメントでも修正点や質問が沢山あり、答えにくい質問も含まれていた。…

ミネソタ汎関数に分散力補正を入れること等についての雑感

最近になって、ミネソタ汎関数に分散力補正を入れた論文を何報か立て続けに見た。違和感を覚えたのでメモしておきたい。 そもそも分散力補正は開発当時の既存の汎関数(B3LYPなど)が分子間力をうまく取り入れることができないという欠点を補うために開発され…

簡便なフェニルラジカル源

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.7b03538アリールトリフラートとヨウ化ナトリウムを光照射するとアリールラジカルが生成するという論文。 利用価値が高く、非常に興味深い。

力技でSCF計算

SCF計算がまともに収束しないので力技で網羅的に計算を行った。 計算対象は伏せておくが、使ったオプションと結果は以下のとおり。 論文発表前だし、何かあると面倒なのでここに挙げたデータはちょっといじってある。 2つ計算値がある場合は下のほうが最終的…

(構造最適化チェック|Supporting Information作成)プログラム

以前書いたAWKのプログラム moki.hatenablog.com の改良版@python。Gaussian09のアウトプットファイルを読み込んで、欲しい情報だけ抜き出す。 大学の共用サーバーを4種類使い分けてるのだが、全部に共通して入ってるpython2.5上で、numpy、scipyなしで動…

英語ができない結果として専門知識が体系的に蓄積する

<概略> ボスの英語で聞き取れない点がある ↓ 概略は分かるが、その場でひとつひとつの単語を何度も聞き返すわけにはいかず、 わかったふりをして要点だけメモする ↓ 後でキーワードを手がかりにして成書なりインターネットなりを使って言われたことを調べ…

筋トレには学びがある

筋肉を肥大させる際、闇雲にトレーニングすることは推奨されていない。 適切な方法で筋肉に負荷をかけ、十分な食事と休息をとらないと効果は現れない。 無理をすれば怪我をしてしまい、これまでの努力が無駄になることだってある。 また、努力しても遺伝的に…

自転車を漕いでいると追い風には気付き難い。

漕ぐのをやめた時、風が吹いていた事に気づくんだなと思った。

雑感

こっちに来てから割と生活が楽になった。 学生の頃よりは実験時間は減ったし、それでなおインパクトのある成果が出やすい。ボスが優秀すぎて、自分がやったことが成果に結びつきやすいというだけなのだが、 ここで出した成果を自分の能力だと思ってると後で…

技術を獲得すると色眼鏡がかかる

随分前に読んだmedtoolz氏のエントリーが、自分の中で年々大きくなっていくのを感じる。偏見を獲得すること - レジデント初期研修用資料 "学習とは、自らの偏見に基づいた、断片的な知識の再配列に他ならない。教科書の配列をそのまま受容することは「暗記」…

2016年まとめ

2016年も終わるのでやったことをまとめる。・研究活動 それなりにやった。今年の前半と後半で研究のボトルネックとなるものが変わったのでまとめておきたい。前半のボトルネックは自分のスキルだった。まだ研究分野を変えて慣れない中で新しいスキルを磨…

G3B3計算、エラー対処覚え書き

時間の経過による考え方の変化とは面白いもので、博士課程時に悩んでいた問題の解決法が今になって思い浮かんだ。 アイディアを裏付けるべくG3B3計算を行なっている。 対象はC, N, O合わせて13個+Hのそこそこ大きい分子である。 せいぜい100cpu時間くらい…

オスミウム代替試薬

二重結合のジヒドロキシル化は有機合成において重要な反応ということになっているが、立体選択的に酸化するとなると割と面倒臭い。シン付加させる場合、酸化オスミウムや過マンガン酸などの毒性が超絶高い試薬を使わなければいけないので廃液処理・保管が面…

うちの新院生らが忙しそうである

サンクスギビングの休暇が始まり、学内は人がまばらになっている。 これからクリスマス休暇にかけて、学生たちはお休みモードになるんだろう。もちろんうちのラボも。去年のサンクスギビングは休みに浮かれるというよりも「何も結果がない」という焦りのため…

DOSYを用いた溶液中分子量測定

ずいぶん前に読んだ論文。重要だなとは思っていたが、忘れかけていたのでせっかくだしここに備忘録としてまとめておく。 DOSYはよく知られている通り、拡散係数の違いを利用してNMRのスペクトルを分離する手法である。拡散係数は分子量や分子の形状によって…

Gaussian09のアウトプットファイルの整形スクリプト

このラボに入ってから最初のまとめ的な論文を書いている。実験系の1本目は先週投稿し、計算主体の2本目がだいたい終わりつつある。あとはSIまとめが主要な作業となる。論文を書く際にGaussian09のアウトプットファイルを目視して処理するのが面倒だったの…

Vimiumを使い始めた

マウス腱鞘炎が悪化してきてしまい、もうちょっと指に優しい方法でブラウジングすることができればいいなと思っていたのだが、ところで普段からVimを使って作業しているので、Wordで作業している時も:wqで保存しようとしてしまうようになってしまっているよ…

再構造最適化せずに高精度計算をかける方法

TS・IRC上でG3やCBS-QB3計算がやりたくなったのだが、単にインプットファイルにG3やCBS-QB3と書いただけでは勝手に最適化されてしまう。 これを防ぐ方法が書かれていたのでメモ。 http://glab.cchem.berkeley.edu/glab/faqs/gaussian_tips.html#G3 具体的に…

学会に参加した

渡米して初めて学会に参加した。ちなみに町から出るのも渡米後初である。 ポスター発表ではあるものの、精神的負担は結構なものだった。全て英語で発表しなければならないのは厳しいものがある。絶対に発表中に言葉が詰まると確信していたので、ポスターにそ…

化学反応を引き起こすのは駆動「力」か?

昔Twitterでちょっと言及したネタについて。 Let's Drive "Driving Force" Out of Chemistry http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed082p827 古い論文ですが、化学反応における自発的な変化に対して、Driving Force(駆動力)という言葉を使うのをやめよう…

SCFの収束

SCFの収束の悪い系を扱っている。デフォルトだと間違ったエネルギー値が得られる。エラーが出ないので気づくのに相当時間を要した。 qcオプションは多くの場合よく動くのだが、たまにエネルギーが高い状態のまま収束して偽の解を与えてしまう。scf=(xqc, max…

Multiwellプログラムインストール時の覚え書き

mpif90がなかったのでこれ導入。 https://wiki.helsinki.fi/display/HUGG/Open+MPI+install+on+Mac+OS+X

export LIBRARY_PATH=/usr/local/gfortran/lib で通った

忘れないようにメモ

研究指導の反省

学部生を指導する事になった。 学部生の時に研究室でろくな技術指導を受けた事が無かったので、何を教えればいいのか分からずかなり戸惑っている。割と放置系の研究室の中で、学生時代は本や論文を読んだりして自己流の実験をせざるを得なかった(しかし基本…

分子動力学法。起きたエラー、その解決法

Verletアルゴリズムでは影のハミルトニアンが保存されるために時間発展に伴う総エネルギーのずれが非常に小さい事が知られているが、何らかのエラー(恐らくポテンシャルエネルギーを計算する際に用いる汎関数が不連続だと思われる。実際に、ポテンシャルエ…